COVID-19疫情自2019年底被发现以来，造成大量人群的感染。伴随着感染人数的增加和疫情的持续，SARS-CoV-2不断进化和变异，产生了大量的病毒变异株，其中一些变异株的传播能力和致病性明显提高，还有一些毒株出现抗原逃逸现象，这些变异株引起了公共卫生部门和民众的关注。在国内外的报道中，经常出现“B.1.1.7“,“P.1”, “Alpha”,“伦敦变异株”等称呼，读者很难知晓这些命名的含义。最近印度出现的变异株因其传播速度快，致病性高引起广泛关注，在各种报道中，针对该毒株出现了”印度突变株”，”B.1.617.2”，”Delta”(德尔塔)等各种称呼。鉴于SARS-CoV-2变异株命名的复杂性，以及按照区域命名造成的污名化和歧视，WHO在2021年5月31发布了依据拉丁字母对受关注的SARS-CoV-2变异株的命名规则[1]，这种命名规则简单可行，且容易在媒体间传播，WHO也鼓励政府机构、媒体和公众使用这些新的命名来称呼这些变异株。
1. Pango, GISAID和Nextstrain命名规则
1.1 Pango命名规则
Pango, GISAID,和Nextstrain命名是依据病毒进化距离命名的，其中Pango最为常用（图1），如在伦敦首先发现的B.1.1.7，南非最先发现的B.1.352，印度目前在流行的B.1.617.2，均为Pango命名[2]。Pango命名前面的英文字母代表属于某一个支系[3]，后面的点和数字代表来源于前面支系的第几个子代分支。如以B.1.1.7为例，B.1.1.7是B.1.1支系的第七个子代支系，C.1是C支系的第一个子代分支。Pango命名法将谱系名称限制在最多四个层次的祖先，以确保谱系名称不会过长，当某一个支系后面的数字超过3个时，将产生一个新的字母支系。如B.1.1.1的下一个子代支系不叫B.1.1.1.1,而是生成一个新的支系C支系，命名为C1；在巴西传播的关切变异株被称为P.1，而不是B.1.1.28.1。Pango命名能清楚表示出该突变株在进化上位置，以及和其他突变株的亲缘关系的远近。
图1：Pango 各支系在进化树上的位置
1.2 GISAID命名规则
GISAID命名是根据病毒基因组的进化距离来命名的[4]。GISAID命名不是按照字母顺序A,B,C来依次命名，而是依据突变位点的氨基酸变异来命名。2020年2月携带S-D614G突变的毒株在全球迅速传播，这群变异株就被命名为G。大的支系可以继续向下划分，如G支系后续又分支为GH,GR支系[5]，支系后面可以标注关键的突变位点。如伦敦突变株B.1.1.7在GISAID命名系统中为GR/501Y.V1”。GISAID各支系携带的关键突变见表1。
表1: GISAID各支系的命名和标志性突变
1.3 Nextstrain 命名规则
Nextstrain命名是以年份开头，后续依次按照字母顺序来命名变异株[6]，如B.1.1.7在Nextstrain命名规则中命名为“20I(V1)”。Nextrain定义一个新的支系需要满足以下3个条件之一：（1）在全球流行超过2个月且比例超过本时期流行株总数的20%以上；（2）在某个地区流行超过2个月且比例高于本地区同时期流行毒株的30%；（3）出现引起公共卫生风险的变异（如501Y.V1和501Y.V2）。
图2：Nextstrain 命名支系在进化树上的关系
2. WHO 命名规则
Pango, GISAID和Nextstrain的命名方法具备较好的科学性，在科学研究中被广泛使用。但对公众来说，这种命名远离大众认知，很难知晓名字背后的科学意义。为了便于公众对这些变异株的讨论和认识，WHO推荐使用希腊字母（Alpha,Beta, Gamma）来命名重要毒株[7]。依据这些变异株的传播力、致病力不同，将其分为“关切变异株”（variant of concern, VOC）和“关注变异株”（variant of interest, VOI）。
2.1 关注变异株（Variant of interest, VOI）
VOI毒株需满足以下两个条件之一：相比较参考毒株，变异株基因组的变异引起了病毒表型的改变；变异株引起社区传播或者在多个国家地区传播。目前，WHO公布的VOI主要包括以下几种：
图3：WHO公布的VOI
2.2 关切变异株（Variant of concern, VOC）
相比较VOI变异株,VOC毒株的公共卫生风险更高，更受大众关注。VOC必须满足以下3个条件之一：① 传播能力增强或者流行特点出现不良方向的改变；② 毒力增强或者临床致病性增加；③ 毒株的变异使公共卫生，社会干预措施，或现有诊断、疫苗、治疗方法的有效性降低。VOI是科学家和普通群众重点关心的变异株，媒体常常报道的伦敦突变株，南非突变株，巴西突变株，和最近出现的印度突变株，均为VOC。
图4：WHO公布的VOC
3.Delta变异株的传播力和临床特征
Delta毒株去年10月份在印度首次出现，随着今年2月份印度第二波疫情的爆发，Delta毒株迅速变成印度主要的流行毒株。目前Delta毒株已经传播到全球92个国家：英国目前90%的流行毒株均为Delta毒株，近期美国感染Delta毒株的患者比例迅速上升。世卫组织首席科学家苏米娅·斯瓦米纳坦（Soumya Swaminathan）在6月18日表示，Delta变异株的传播能力显著增强，该毒株正成为导致目前全球新冠疫情的主要致病变异株，引起了全球的广泛关注。
英国公共卫生局的报告显示，Delta毒株的传播能力比英国变异株Alpha突变株高60%[8]。Delta突变株S蛋白上的P681R突变增强和加速了SARS-CoV-2S介导的膜融合，并对疫苗诱导的中和抗体产生抗性[9]。英国检测了250个辉瑞的BNT162b2疫苗接种者对各种VOC的中和抗体滴度，结果显示，与野生型相比，针对Delta变异株的中和抗体滴度下降了5.8倍，而Alpha变异株只下降了2.6倍[10]。目前，Delta毒株已进一步演变为“Delta+”，这种变异株对印度正在推行的“抗体鸡尾酒疗法”表现出很强的耐药性[11]。
Delta毒株引起的临床症状似乎更为严重，感染Delta毒株的患者住院风险是Alpha毒株的2倍[12]。疫苗对Delta毒株感染的有效性也有所降低（核酸阳性），两剂辉瑞疫苗可将感染Delta变种的风险降低79%，对Alpha变种的感染风险则降低92%；而对于牛津和阿斯利康开发的疫苗，针对Delta和Alpha毒株的有效性分别是60%和73%[12]。对于有症状的感染，两剂辉瑞疫苗对Delta毒株和Alpha毒株的有效性分别是88%和93%，两剂阿斯利康疫苗对这两种毒株的有效性分别是60和66%[13]。但接种疫苗依然可以有效避免重症，英国公共卫生局对14，019名Delta变异株病例分析显示，辉瑞疫苗接种两剂后可将感染Delta毒株后住院的风险降低96%；阿斯利康疫苗接种两剂后可将住院风险降低92%[14]。目前，我国也发现了Delta毒株感染的病例，国产疫苗的对Delta毒株的有效性值得关注。
参考文献（上下滑动）
1. WHO.WHO announces simple, easy-to-say labels for SARS-CoV-2 Variants ofInterest and Concern 2021 [cited 2021 JUN 22]. Available from:https://www.who.int/news/item/31-05-2021-who-announces-simple-easy-to-say-labels-for-sars-cov-2-variants-of-interest-and-concern.
2. OliverPybus.Pango Lineage Nomenclature: provisional rules for naming recombinantlineages 2021 [cited 2021 JUN 22]. Available from:https://virological.org/t/pango-lineage-nomenclature-provisional-rules-for-naming-recombinant-lineages/657.
3. RambautA, Holmes EC, O'Toole A, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. A dynamicnomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomicepidemiology. Nat Microbiol. 2020;5(11):1403-7. Epub 2020/07/17. doi:10.1038/s41564-020-0770-5. PubMed PMID: 32669681; PubMed CentralPMCID: PMCPMC7610519.
4. HanAX, Parker E, Scholer F, Maurer-Stroh S, Russell CA. PhylogeneticClustering by Linear Integer Programming (PhyCLIP). Mol Biol Evol.2019;36(7):1580-95. Epub 2019/03/12. doi: 10.1093/molbev/msz053.PubMed PMID: 30854550; PubMed Central PMCID: PMCPMC6573476.
5. GISAID.Clade and lineage nomenclature aids in genomic epidemiology studiesof active hCoV-19 viruses 2021 [cited 2021 JUN 22]. Available from:https://www.gisaid.org/references/statements-clarifications/clade-and-lineage-nomenclature-aids-in-genomic-epidemiology-of-active-hcov-19-viruses/.
6. TrevorBedford EBH, Richard A Neher. Updated Nextstrain SARS-CoV-2 cladenaming strategy 2021 [cited 2021 JUN 22]. Available from:https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming.
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作者简介
邹晓辉
医学博士，中日友好医院临床感染实验室，中日医院呼吸中心，助理研究员。芝加哥大学计算机学院，美国阿岗国家实验室计算、环境、生命科学研究所（CELS）postdoc访问学者。国际流感和其他呼吸道病毒协会会员（Member），多本SCI杂志审稿人。主持国家自然科学基金（青年项目）1项，参入国家重点研发计划，国家科技重大专项多项。主要研究呼吸感染，临床宏基因组学病原检测，重症病毒感染机制，基因组数据机器学习。发表SCI文章多篇。
END
作者｜邹晓辉、曹彬
审校｜陈宏斌、余方友
